O HPV não tem cura definitiva,porém, na maioria dos casos, o próprio sistema imunológico elimina o vírus espontaneamente dentro de no máximo dois anos. No entanto, se a infecção persistir ou causar sintomas, existem tratamentos para controlar as lesões e reduzir os riscos de complicações futuras. Em geral as verrugas desaparecem sozinhas, mas caso persitam, podem ser tratadas com medicamentos tópicos, crioterapia que consiste no uso de nitrogênio líquido para congelar as verrugas, cauterização para queimar as lesões, e cirurgia para a retirada de lesões maiores. Em casos quando o HPV evolui para um câncer, o tratamento pode ser feito pela remoção da lesão cirurgicamente, radioterapia e quimioterapia (dependendo do estadiamento do câncer). A vacinação contra o HPV é a forma mais eficaz de evitar o contágio dos tipos mais agressivos de HPV: 6, 11, 16 e 18, o uso de presenvativos também é aconselhável e exames regulares também auxiliam no controle da doença.
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